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GENCI, le CEA, la CPU et Atos arment les scientifiques européens pour la lutte contre le Covid 19

Deux des supercalculateurs les plus puissants de France, Joliot-Curie opéré au TGCC (Très Grand Centre de Calcul du CEA) et Occigen au CINES (centre national de calcul de la CPU), fournissent depuis quelques semaines un accès prioritaire d’une grande partie de leurs ressources de calcul à des équipes de recherche européennes participant à la lutte contre le COVID-19.

Il s’agit notamment d’études épidémiologiques de la propagation du COVID-19, de travaux visant à comprendre la structure moléculaire et le comportement du virus ou encore à cribler massivement des protéines et tester des potentielles futures molécules qui permettront d’accélérer la recherche d’un vaccin efficace contre le SARS-CoV-2. Ces deux supercalculateurs sont basés sur la plateforme BullSequana d’Atos, leader mondial de la transformation numérique.

L’agence nationale du calcul intensif GENCI indique ainsi que plus de 20 projets scientifiques liés au COVID-19 bénéficient aujourd’hui de la puissance de calcul des trois supercalculateurs nationaux, dont font partie Joliot-Curie et Occigen (avec la machine Jean Zay à l’IDRIS), et, ce, après seulement quelques semaines d’ouverture des machines en mode « urgent computing », grâce surtout au support technique des équipes locales des trois centres concernés.

Des projets de recherche européens

Les scientifiques européens ont recours au supercalculateur Joliot-Curie pour mettre en œuvre à ce jour trois projets COVID-19 à grande échelle dans le cadre de l’appel FastTrackCOVID-19 de PRACE.

Ainsi, le premier projet simule les protéines fonctionnelles du virus SARS-CoV-2, constituées de millions d’atomes, pour comprendre les mécanismes de l’infection virale afin de développer une approche thérapeutique.

Un second projet utilise le criblage informatique, une technique bien connue utilisée dans la création de médicaments, pour identifier et améliorer les inhibiteurs de protéines virales, notamment des molécules capables de bloquer le SARS-CoV-2. Ce projet pourrait aider au développement d’un traitement qui ralentirait l’épidémie de COVID-19.

Enfin, un troisième projet combine l’étude de l’effet des médicaments antipaludiques sur divers types de rythme cardiaque humain en tenant compte d’une variété de comorbidités qui peuvent être présentes dans la population infectée. Il utilise en parallèle la dynamique des fluides computationnelle (CFD) pour mieux comprendre le complexe hémodynamique associé au syndrome Nord-Sud.

Parmi les projets COVID-19 qui utilisent la machine Occigen, les chercheurs effectuent des simulations pour étudier plus en détail les enzymes hélicases SARS-CoV-2, afin de mieux comprendre la constitution génétique du virus. Un autre projet, s’appuyant sur des méthodes de criblage informatique, teste virtuellement plus d’un 1,5 milliard de molécules dont mille seront synthétisées et testées en laboratoire pour leur capacité à inhiber le SARS-CoV-2.

L’ampleur de ces tests virtuels est sans précédent et n’est rendue possible que grâce à la puissance de calcul du supercalculateur Occigen, utilisant actuellement 40 000 cœurs par jour, soit environ la moitié de la capacité globale d’Occigen constituée de 86 000 cœurs pour une puissance crête de 3,5 pétaflops/s. Une équipe dédiée d’ingénieurs support en HPC est mobilisée sur ces deux projets pour accompagner au mieux les chercheurs.


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